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主要目標

終極目標:十年後
1. 奠定台灣研究熱帶雨林的基礎
2. 建立符合國際規模的研究團隊
3. 將熱帶生態學及生物多樣性的研究建立為東海大學的特色之一
4. 將熱帶生態學及生物多樣性研究中心建立為研究東南亞熱帶雨林之重鎮

中長程目標:五年後
1. 募款成立福爾摩沙生態獎(Formosa Prize)
2. 積極募款成立「熱帶雨林保育基金」
3. 增加中心研究人員編制
4. 綜合五年研究成果,出版「蓮花池之生態及自然史」
5. 開授熱帶生態學及生物多樣性國際留學研究生課程
6. 與東南亞及國際各研究機構建立合作關係

近程目標:五年內
1. 與林業試驗所簽訂合作備忘錄(已完成)
2. 設立生物多樣性學程以培育年輕一代(已完成)
3. 建立以蓮華池為主的整合性長期生態研究計畫(進行中)
4. 舉辦國際學生熱帶生態學野外課程(進行中)
5. 與國內相關研究單位,如中央研究院生物多樣性研究中心建立合作關係
6. 培養從事熱帶生態學研究之人才
7. 積極募款成立熱帶生態學獎學金
8. 爭取國科會專案補助從事熱帶生態學研究
9. 建立以蓮華池為主的台灣低海拔闊葉林之生物資料庫
10. 在國際知名學術期刊發表有關蓮華池及東南亞熱帶雨林的學術研究論文