整體規劃
熱帶生態學及生物多樣性研究中心的整體規劃以研究為主，教育訓練為輔，並積極參與有關自然保育之活動，以提高公眾對當今環境問題的認知與瞭解。在研究方面，希望藉著整合性的研究，結合國內外學者，積極投入熱帶生態及生物多樣性的研究。在研究方向上將有兩大主軸：一是以東南亞熱帶雨林為題材，研究雨林生態系在人為干擾（如當地土地利用方式）和天然狀況下，其生物多樣性變化及維持之機制。中心將積極網羅並培養熱帶雨林研究人才，期能建立東海大學為台灣研究國際熱帶雨林之重鎮。另一主軸則以林業試驗所位於南投蓮華池之研究中心為主，配合其林業經營試驗相關計畫，進行森林動態及生物多樣性變化的本土研究。此發展以台灣本土研究為主，以建立東海大學為台灣研究生物多樣性之重鎮為目的。
在教育訓練方面，將開設以野外實驗為主的田野技術課程，培養從事生態保育之人才。另一方面將開設國際熱帶雨林野外課程，以培養台灣及東南亞從事熱帶雨林研究之人才。本中心將邀請STRI研究人員來拓展本校教學與研究之視野，並藉此合作關係，選派學生前往STRI接受訓練，培養國際視野。此外，將不定期邀請國際知名之生態學者到東海大學進行長或短期的研究訪問，或舉行國際研討會以提升東海大學學術研究水準。
在大眾教育方面，將依台灣或國際上有關生態重點事件之發生，不定期舉行相關之論壇，提供大眾瞭解事件發生之前因後果；並推動成立福爾摩沙生態獎(Formosa Prize)，定期頒獎表揚對台灣自然保育有功之人員。此外，將定期在學校舉辦「生物多樣性週」或「熱帶雨林週」，藉由展覽、影片欣賞或系列演講方式，向全校師生介紹生態保育及熱帶雨林的重要性，進而培養及提升全校師生對自然保育的觀念。
熱帶雨林的研究計畫讓我們能與國際研究機構與團隊接軌。這對提升我們本身的研究能力及培養學生的國際觀有極大助益。此外，參與國際熱帶雨林的研究團隊，可以讓東海大學有機會登上國際舞台，這對提升東海校譽有莫大助益。蓮花池的整合型研究則提供我們深耕本土的機會。藉由對台灣本土問題的直接瞭解，我們可以提供更切合實際的保育政策，進而奠定東海在台灣保育生態學上的主導角色。藉著教育訓練，我們可以培養新一代從事熱帶雨林研究的人才，奠定台灣研究熱帶雨林的基礎。藉著大眾教育，我們可以提升一般大眾對環境問題的認知，更可提高東海的知名度。
在人力規劃方面，本中心將以生命科學系生態暨生物多樣性組現有的八位老師為主體，再加上校內及校外數個研究單位的研究人員，組成極為堅強的研究團隊（附件二）。中心現有研究人員在各自的研究領域均享有很高評價（附件三）。以2001年至2004年在學術上的表現為例，本中心研究人員發表超過40篇在SCI期刊上的學術論文，共獲得29件國科會計畫，研究經費超過兩千五百萬元（表一）。
在研究的質上，中心研究人員的表現更在國內同領域的水準之上（表二）。由此可知，中心研究人員過去幾年的研究，不論在質與量上都有很好的表現。此外，中心研究人員平均年齡為46歲，乃正值研究生涯中的高峰階段。相信未來十年，中心研究人員不論在產量或產能上都會有極傑出的表現。除了年輕與研究表現突出外，中心研究人員的另一特色就是相處融洽、合作無間。由現今學術發展趨勢可知，團隊合作早已取代過去單打獨鬥的方式。生態學方面的研究，由於尺度大、參與物種複雜再加上環境的不確定性，更需要各方專家的參與，才可能對複雜的系統有所瞭解。中心研究人員間默契佳、配合度高，再加上互補性強，將是中心未來極具競爭力的保證。
